La Dirección de Auditoría Interna, es una dependencia de control interno posterior que realiza tareas de línea dentro de la Universidad Amazónica de Pando; coadyuvando a la Máxima Autoridad Ejecutiva en el cumplimiento de sus funciones y responsabilidades, a través del examen y evaluación de los Sistemas de Administración y Control (SAYCO), el Examen sobre la confiabilidad de los Registros y Estados Financieros y otros exámenes especiales y específicos, en el marco de las Normas de Auditoría Gubernamental y disposiciones legales en actual vigencia.

La Dirección de Auditoría Interna no participa en ninguna otra operación ni actividad administrativa y depende de la Máxima Autoridad Ejecutiva de la entidad, formulando y ejecutando con total independencia sus actividades. Todos sus informes son remitidos inmediatamente después de concluidos a la máxima autoridad ejecutiva (Rector) y a la Contraloría General del Estado.

El objetivo de la Dirección de Auditoría Interna es examinar con total independencia y diligencia, los resultados de las operaciones en términos de eficiencia, efectividad y economicidad expresados en los estados financieros, a través de:

• La evaluación del grado de cumplimiento y eficacia de los sistemas de administración y de los instrumentos de control interno a ellos incorporados, así como la eficiencia y resultados de las operaciones.
• Verificación de la confiabilidad de los Registros contables y operativos que sustenten los estados financieros
• La verificación del cumplimiento de las disposiciones legales, normas y reglamentos internos que regulan los sistemas administrativos de la Universidad Amazónica de Pando
• La evaluación de las actividades u operaciones de la Universidad Amazónica de Pando, en términos de eficacia, economía y eficiencia.
• La realización de auditorías especiales o específicas de acuerdo a las Normas de Auditoría Gubernamental.
• En asuntos relacionados con el control gubernamental, apoyar a la máxima autoridad ejecutiva

De igual manera, la Dirección de Auditoría Interna ejerce labor de control interno posterior, a través de exámenes periódicos y sus respectivas recomendaciones. Además de acuerdo al artículo 81 del Estatuto Orgánico de la Universidad Amazónica de Pando, son atribuciones del Auditor Interno:

• Asistir al Rector en lo referente a Auditoría, la organización administrativa optima, los métodos de dirección a aplicarse y las pautas generales de planificación económica financiera.
• Cumplir con las disposiciones emanadas del Rector, en uso de las atribuciones asignadas por el artículo 44 del Estatuto Orgánico de la Universidad Amazónica de Pando